Meczet nosi swoją nazwę ze względu na jego położenie między dwoma innymi świątyniami muzułmańskimi („orta” oznacza średni w języku tureckim). Został zbudowany w 1880 roku i jest jedynym zachowanym Meczetem w Batumi. Tak jak w przypadku wszystkich innych zabytków religijnych, był zamknięty w czasach sowieckich. W 1990 prace remontowe zostały przeprowadzone i Meczet wznowił swoją działalność duchową i kulturalną.