Porto Torres è, dopo Olbia, lo scalo sardo più servito dalle navi traghetto. I collegamenti con Genova (11 ore e 30 minuti di navigazione) sono garantiti dalla Tirrenia, che effettua servizio giornaliero tutto l’anno, e dalla Grandi Navi Veloci, con traversate a giorni alterni dal 30 maggio al 13 settembre. Grimaldi Lines effettua dal 15 aprile al 5 ottobre un servizio di linea bisettimanale per Civitavecchia (7 ore e 15 minuti) e Barcellona (11 ore e 45 minuti), da giugno ad agosto intensificato fino a cinque partenze settimanali.
I vettori francesi La Méridionale e SNCM effettuano partenze per Ajaccio (3 ore e 30 minuti), Propriano (4 ore) e Marsiglia (17 ore).
Salvo variazioni imposte dalle condizioni meteomarine, i traghetti da e per Genova attraccano al porto civico, antistante il centro cittadino; gli altri al porto industriale (1,5km a ovest), collegato a via Mare e alla Stazione Marittima da un servizio gratuito di bus navetta.